Влияние пандемии COVID-19 на работу цитопатологической лаборатории: опыт и перспективы академического центра в Нью-Йорке

COVID-19 чрезвычайно повлиял на все аспекты работы медицинских учреждений. Были оперативно реализованы различные стратегии и политики для сохранения ресурсов не только для оказания медицинской помощи ожидаемому огромному количеству пациентов с COVID-19, но и для смягчения распространения инфекции на рабочем месте с целью обеспечения безопасности медицинских работников. Все обычные, второстепенные медицинские услуги и процедуры были сокращены, а работники, которые считались несущественными, были направлены на работу удаленно из дома, чтобы уменьшить количество людей в помещениях больницы и сохранить столь необходимые средства индивидуальной защиты, которых не хватало с самого начала пандемии. Лаборатории не остались невредимыми и находились под огромным давлением, чтобы поддерживать безопасность на рабочем месте во время работы и обеспечивать лучший уход за пациентами с ограниченными ресурсами. В этой статье мы делимся своим опытом и проблемами, с которыми мы столкнулись в лаборатории цитопатологии крупного академического центра в Нью-Йорке, США, во время пика инфекции.

Диагностика вирусных бронхолегочных инфекций основана на анализе секретов, собранных, по возможности, из нижних дыхательных путей, с помощью методов, которые обнаруживают либо грипп, либо респираторно-синцитиальные вирусы, либо большую группу вирусов, которые могут быть ответственны за респираторные заболевания. Последние, называемые множественными ПЦР-анализами, позволяют применять синдромный подход к респираторной инфекции. Их высокая стоимость для лаборатории поднимает вопрос об их месте в ведении пациентов с точки зрения экономии антибиотиков и изоляции. При отсутствии четких рекомендаций стратегия и оборудование очень неравномерно распределены во Франции.

 

Обеспечение контакта: звонки пожилым людям из сельских районов Аппалачей во время эпидемии COVID-19

Пожилые люди, особенно в возрасте 85 лет и старше, остаются в группе значительно более высокого риска COVID-19. На эту группу, а также на людей с уже существующими заболеваниями сердца и легких и диабетом, приходилось 80% госпитализаций и еще более высокий процент смертей, связанных с COVID-19, в США. В Западной Вирджинии, единственном штате США, полностью расположенном в Аппалачах, процент пожилых людей выше, чем во всех штатах страны, кроме двух. Сельские пожилые люди не решаются обращаться в отделения неотложной помощи больниц и посещать обычные медицинские визиты из-за страха заражения вирусом. Ограничение доступа к мобильным телефонам и Интернету может ограничить эффективный доступ к технологиям для более изолированных сельских пожилых людей. Необходима дополнительная информация для разработки эффективных, безопасных и приемлемых подходов к уходу за пожилыми людьми, живущими в изоляции в сельских районах.

В период с 1 по 22 апреля 2020 года были проведены телефонные интервью со 124 жителями, проживающими в общинах, в четырех округах сельских Аппалачей. Возраст участников составлял 75 лет и старше. Была рассчитана описательная статистика, и был использован точный тест Фишера для изучения ассоциаций между переменными.

участники состояли из 86 (69,4%) женщин и 38 (30,6%) мужчин со средним возрастом 82,5 года. Телефонный контакт был предпочтительным методом связи среди всех участников, кроме четырех (96,8%). Семнадцать звонков (13,7%) привели к тому или иному вмешательству, включая организацию срочного ремонта дома, лечение тяжелой гипертонии, планирование срочных лабораторных исследований, организацию неотложной помощи, лечение острых состояний и предоставление медицинского оборудования длительного пользования. 17 участников, которым требовалось вмешательство, с большей вероятностью были в возрасте 85 лет и старше (p = 0,004) и сообщили о двух или более хронических состояниях (p <0,001). Те, кто описывал себя как «одинокие», значительно чаще жили в одиночестве (p = 0,009) и описывали себя как «тревожные» или «подавленные» (p <0,001).

Заключение. Телефонный звонок, по-видимому, является наиболее эффективным средством связи с пациентами в этих сельских округах Аппалачей. Пациентам в возрасте 85 лет и старше и одиноким людям следует уделять первоочередное внимание при регулярных консультациях со стороны медицинских работников. В этой группе населения систематические звонки пожилым сельским пациентам во время эпидемии COVID-19 и после нее представляют собой эффективную стратегию для поставщиков медицинских услуг, которые заботятся о пожилых сельских пациентах.

Недорогие стратегии с открытым исходным кодом для химического разделения

В последние годы началась тенденция к использованию ресурсов открытого доступа для лабораторных исследований. Стратегии проектирования с открытым исходным кодом для научного оборудования основаны на использовании широко доступных деталей, особенно тех, которые можно напрямую напечатать с использованием методов аддитивного производства, и электронных компонентов, которые могут быть подключены к недорогим микроконтроллерам. Программное обеспечение с открытым исходным кодом устраняет необходимость в дорогих коммерческих лицензиях и дает возможность разрабатывать программы для конкретных нужд. В этом обзоре описывается влияние «движения за открытый исходный код» в области химического разделения, прежде всего посредством всестороннего анализа исследований в этой области за последние пять лет. Рассматриваемые темы включают общее лабораторное оборудование, методы подготовки проб, анализ на основе разделения, стратегии обнаружения, управление электронными системами и программное обеспечение для обработки данных. Также обсуждаются остающиеся препятствия и возможные возможности для дальнейшего принятия подходов с открытым исходным кодом в контексте этих тем, связанных с разделением.

В феврале 2020 года наша лаборатория начала предлагать анализ RT-qPCR для качественного обнаружения коронавируса 2 тяжелого острого респираторного синдрома. Через несколько месяцев после того, как тест был представлен нашим пациентам, некоторых материалов, реагентов и оборудования стало не хватать. Были необходимы альтернативные протоколы, чтобы избежать остановки тестирования населения. Однако перед использованием необходимо проверить пригодность этих альтернатив.

 

Myoglobin antigen (Purified)
E64C00401	EnoGene	100ug	EUR 375

Myoglobin antigen (Purified)
E64C00401a	EnoGene	20ug	EUR 343

Purified Rat Hemoglobin
HEMG16-N-1	Alpha Diagnostics	1 mg	EUR 225

Purified Mouse Hemoglobin
HEMG17-N-1	Alpha Diagnostics	1 mg	EUR 225

Anti-p21Waf1 Purified
11-338-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 108

Anti-p21Waf1 Purified
11-338-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 177

Anti-TRIM Purified
11-344-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 113

Anti-TRIM Purified
11-344-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 186

Anti-SIT Purified
11-345-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 113

Anti-SIT Purified
11-345-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 186

Anti-PAG1 Purified
11-346-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-PAG1 Purified
11-346-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-PAG1 Purified
11-347-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-PAG1 Purified
11-347-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-NHERF1 Purified
11-348-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-NHERF1 Purified
11-348-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-DAXX Purified
11-351-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 108

Anti-DAXX Purified
11-351-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 177

Anti-LAT Purified
11-360-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 113

Anti-LAT Purified
11-360-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 186

Anti-Vimentin Purified
11-369-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 113

Anti-Vimentin Purified
11-369-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 186

Anti-Tenascin Purified
11-370-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 108

Anti-Tenascin Purified
11-370-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 177

Anti-STAT1 Purified
11-371-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-STAT1 Purified
11-371-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-NTAL Purified
11-373-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-NTAL Purified
11-373-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-NTAL Purified
11-374-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-NTAL Purified
11-374-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-FYN Purified
11-375-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-FYN Purified
11-375-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-SYK Purified
11-376-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-SYK Purified
11-376-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-LYN Purified
11-377-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-LYN Purified
11-377-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-CSK Purified
11-378-R025	ExBio	0.025 ml	EUR 122

Anti-CSK Purified
11-378-R100	ExBio	0.1 ml	EUR 204

Anti-LIME1 Purified
11-400-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-LIME1 Purified
11-400-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-LIME1 Purified
11-401-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-LIME1 Purified
11-401-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-SLP76 Purified
11-402-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-SLP76 Purified
11-402-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-STAT1 Purified
11-405-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-STAT1 Purified
11-405-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-SOCS3 Purified
11-406-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-SOCS3 Purified
11-406-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-PAG1 Purified
11-409-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-PAG1 Purified
11-409-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-LIME1 Purified
11-410-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-LIME1 Purified
11-410-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-SLP76 Purified
11-412-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-SLP76 Purified
11-412-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-Clusterin Purified
11-421-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 113

Anti-Clusterin Purified
11-421-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 186

Anti-PRKAR2A Purified
11-428-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 113

Anti-PRKAR2A Purified
11-428-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 186

Anti-ZAP70 Purified
11-430-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-ZAP70 Purified
11-430-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-Kinesin Purified
11-434-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-Kinesin Purified
11-434-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-GFAP Purified
11-441-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 113

Anti-GFAP Purified
11-441-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 186

Anti-Vimentin Purified
11-460-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 113

Anti-Vimentin Purified
11-460-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 186

Anti-Thyroglobulin Purified
11-466-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 99

Anti-Thyroglobulin Purified
11-466-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 158

Anti-MAP2 Purified
11-472-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 113

Anti-MAP2 Purified
11-472-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 186

Anti-MAP2 Purified
11-473-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 113

Anti-MAP2 Purified
11-473-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 186

Anti-GFP Purified
11-476-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 108

Anti-GFP Purified
11-476-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 177

Anti-CRP Purified
11-480-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-CRP Purified
11-484-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-NTAL Purified
11-485-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-NTAL Purified
11-485-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-NTAL Purified
11-486-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-NTAL Purified
11-486-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-NTAL Purified
11-487-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-NTAL Purified
11-487-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-ZAP70 Purified
11-488-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 108

Anti-ZAP70 Purified
11-488-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 177

Anti-STIM1 Purified
11-497-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-STIM1 Purified
11-497-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-AKT1 Purified
11-509-C050	ExBio	0.05 mg	EUR 149

Anti-CTBP1 Purified
11-511-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-ARAP1 Purified
11-516-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-ARAP1 Purified
11-516-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-DAXX Purified
11-517-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 108

Anti-DAXX Purified
11-517-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 177

Anti-SOS Purified
11-522-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 108

Anti-SOS Purified
11-522-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 177

Anti-PKAc Purified
11-523-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 108

Anti-PKAc Purified
11-523-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 177

Anti-SHIP1 Purified
11-524-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 108

Anti-SHIP1 Purified
11-524-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 177

Anti-SHIP1 Purified
11-525-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 108

Anti-SHIP1 Purified
11-525-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 177

Anti-LST1 Purified
11-528-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-LST1 Purified
11-528-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-PSMA Purified
11-532-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 126

Anti-PSMA Purified
11-532-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 213

Anti-CRP Purified
11-537-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-PSMA Purified
11-539-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 126

Anti-PSMA Purified
11-539-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 213

Anti-AHNAK1 Purified
11-540-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-AHNAK1 Purified
11-540-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-BRG1 Purified
11-541-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-BRG1 Purified
11-541-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-CPNE7 Purified
11-542-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 126

Anti-CPNE7 Purified
11-542-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 213

Anti-GRB2 Purified
11-554-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-GRB2 Purified
11-554-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-AGR3 Purified
11-560-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 149

Anti-AGR3 Purified
11-560-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 258

Anti-AGR3 Purified
11-561-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 149

Anti-AGR3 Purified
11-561-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 258

Anti-UBN1 Purified
11-565-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-UBN1 Purified
11-565-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-GFAP Purified
11-583-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 113

Anti-GFAP Purified
11-583-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 186

Anti-FoxP3 Purified
11-601-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 136

Anti-FoxP3 Purified
11-601-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 231

Anti-PRR7 Purified
11-617-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 140

Anti-PRR7 Purified
11-617-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 240

Anti-ABRA1 Purified
11-619-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-ABRA1 Purified
11-619-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-GRAP2 Purified
11-639-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 122

Anti-GRAP2 Purified
11-639-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-Notch1 Purified
11-651-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 99

Anti-Notch1 Purified
11-651-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 158

Anti-PDK1 Purified
11-659-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 204

Anti-ZAP70 Purified
11-665-C025	ExBio	0.025 mg	EUR 108

Anti-ZAP70 Purified
11-665-C100	ExBio	0.1 mg	EUR 177

Здесь мы исследовали, является ли слюна надежной альтернативой мазкам из носоглотки; если 0,45% физиологический раствор является надежной альтернативой гидрохлориду гуанидина в качестве сборной среды для переноса вирусов; стабильность SARS-COV-2 в гидрохлориде гуанидина и в 0,45% физиологическом растворе в течение 10 и 50 дней при комнатной температуре; и можно ли уменьшить концентрацию праймеров / зонда и время термоциклирования, чтобы преодолеть нехватку этих реагентов и оборудования без значительного снижения эффективности анализа.